A Congregação é o órgão de deliberação superior da Unidade Acadêmica. Compete a ela supervisionar a política de ensino, pesquisa e extensão do Instituto de Geociências.
Entre suas funções está a organização de processos eleitorais para nomeação do Diretor e do Vice-Diretor, a elaboração e aprovação de resoluções que regulem o funcionamento acadêmico e administrativo da Unidade, a supervisão das atividades dos Departamentos, a elaboração de propostas orçamentárias, entre outras.
A Congregação é composta pelo Diretor da Unidade, como Presidente, pelo Vice-Diretor, por membros docentes, membros discentes e integrantes do corpo técnico e administrativo, eleito pelos seus pares.